Program „Przedsiębiorstwo Przyszłości” w części merytorycznej realizowany jest w większści w ramach zadań statutowych Fundacji Rozwoju Edukacji i Szkolnictwa Wyższego. Pozostała część kosztów projektu finansowana jest z opłat certyfikacyjnych wnoszonych przez laureatów. Koszty te obejmują m.in. koszty organizacyjne związane z przygotowaniem Gali Finałowej; koszty promocji i obsługi public relations laureatów itp.; koszty organizacyjne związane z obsługą wyjazdów audytorskich (np. koszty podróży i zakwaterowania recenzentów); koszty związane z prowadzeniem stałego monitoringu certyfikowanych firm w okresie obowiązywania certyfikatu (12 miesięcy); koszty przygotowania certyfikatów; koszty pracy Biura Programu.

Opłata certyfikacyjna jest standardowym rozwiązaniem w projektach certyfikacyjnych i konkursach jakości, zarówno publicznych (np. certyfikacje Polskiego Centrum Badań i Certyfikacji), jak i niepaństwowych. Projekt „Przedsiębiorstwo Przyszłości”, jak większość polskich i międzynarodowych programów certyfikacyjnych (ISO, Teraz Polska, AACSB, Inwestor w Kapitał Ludzki, Przedsiębiorstwo Fair Play, Polska Nagroda Jakości, SEM FORUM) przewiduje opłatę. Akredytacje środowiskowe, a do takich należy projekt „Przedsiębiorstwo Przyszłości”, nie korzystają bowiem ze środków publicznych – realizowane są przez organizacje pozarządowe i branżowe, które finansują projekty z opłat certyfikacyjnych oraz funduszy pozyskanych od sponsorów.
 
Opłata certyfikacyjna wnoszona jest wyłącznie przez przedsiębiorstwa, które uzyskają certyfikat "Przedsiębiorstwo Przyszłości", a zatem firmy pozytywnie ocenione przez komisję ekspercką (firmy, dla których usługa certyfikacji zakończy się nadaniem tytułu "Przedsiębiorstwo Przyszłości"). Opłata ta jest bowiem przeznaczona w większości na działania związane z promocją i ewaluacją laureatów, produkcją certyfikatów i statuetek, organizacją gali finałowej Programu, obsługą administracyjną i organizacyjną Konwentu Menadżerów Przedsiębiorstw Przyszłości oraz Biura Programu itp. Takie rozwiązanie pozwala zdecydowanie oddzielić wymiar merytoryczny certyfikacji i oceny firm (nie wymagający wnoszenia opłat i obejmujący wszystkich uczestników Programu) od wymiaru marketingowego i ewaluacyjnego (który wiąże się z koniecznością wniesienia opłaty, ale dotyczy wyłącznie podmiotów, które uzyskały certyfikat). Uczestnik Programu, który nie uzyskuje certyfikatu "Przedsiębiorstwo Przyszłości", nie ponosi żadnych kosztów z tytułu udziału w Programie. Opłata naliczana jest wyłącznie w przypadku pozytywnego rezultatu usługi certyfikacji. Uwaga! W Programie "Przedsiębiorstwo Przyszłości" nie obowiązują opłaty weryfikacyjne (wstępne) warunkujące możliwość udziału w postępowaniu certyfikacyjnym. W wielu programach akredytacyjnych opłaty certyfikacyjne wnoszone są już na początku procedury – warunkiem uruchomienia procesu oceny jest wniesienie opłaty przez podmiot poddający się audytowi. W przypadku „Przedsiębiorstwa Przyszłości” nie przewiduje się żadnych opłat weryfikacyjnych.
 

Uczestnik projektu, któremu został przyznany certyfikat, zobowiązany jest do uiszczenia JEDNORAZOWEJ opłaty certyfikacyjnej w wysokości:
 
-5.500 zł netto - dla firm zatrudniających od 0 do 2 pracowników;
-7.000 zł netto - dla firm zatrudniających od 3 do 5 pracowników;
-8.500 zł netto - dla firm zatrudniających od 6 do 30 pracowników;
-9.500 zł netto - dla firm zatrudniających od 31 do 80 pracowników;
-11.000 zł netto - dla firm zatrudniających od 81 do 150 pracowników;
-12.000 zł netto - dla firm zatrudniających powyżej 150 pracowników.

Uwaga! Firmie, która posiada aktualny certyfikat „Przedsiębiorstwo Przyszłości” i przystępuje do kolejnej edycji Programu w celu ponownego uzyskania certyfikatu, przysługuje bonifikata w wysokości 10 proc. wysokości opłaty certyfikacyjnej.
 
Uczestnik Programu, który nie uzyskuje certyfikatu "Przedsiębiorstwo Przyszłości", nie ponosi żadnych kosztów z tytułu udziału w Programie.